Фауна млекопитающих заповедника «Командорский» уникальна. На Командорских островах и прилегающей к ним акватории зарегистрировано 40 видов млекопитающих.

Сами острова заселяет только один аборигенный вид – островной песец, который представлен двумя эндемичными подвидами: беринговским и медновским. 4 вида грызунов (красная полевка, домовая мышь, черная и серая крысы) были завезены на острова случайно в конце XIX — начале XX веков. Акклиматизирован северный олень. Еще одним случайным вселенцем оказалась американская норка, сбежавшая со зверофермы.

Наиболее многочисленная группа – морские млекопитающие (калан, ластоногие и китообразные). В фауне островов представлены все 10 видов северотихоокеанских ластоногих. В течение последних 15 лет были отмечены два типичных представителя североамериканской фауны – северный морской слон и калифорнийский морской лев. На островах расположены крупные лежбища северных морских котиков численностью до 200 тысяч особей. Здесь размножаются сивучи – вид, стремительно сокративший свою численность в течение нескольких последних десятилетий.

Наиболее разнообразна фауна китообразных – 21 вид. Однако обычными и многочисленными в акватории являются лишь 7 видов (северный плавун, кашалот, косатка, белокрылая морская свинья, горбатый кит, финвал и малый полосатик). Здесь отмечены и такие редкие виды как командорский ремнезуб (только по находкам павших животных) и японский гладкий кит. В охраняемой акватории островов проходят пути сезонных миграций серых китов от мест размножения у американских берегов к летним местам нагула у берегов Камчатки и Сахалина.

До конца XVIII века в прилегающей к островам акватории обитала морская корова Стеллера.

Такого видового разнообразия морских млекопитающих, как в акватории Командорских островов, нет больше нигде в России.

15 видов млекопитающих заповедника «Командорский» включены в Красную книгу Российской Федерации (эти же виды включены в Красную книгу Камчатки).