Фауна млекопитающих заповедника «Командорский» уникальна. На Командорских островах и прилегающей к ним акватории зарегистрировано 40 видов млекопитающих.
Сами острова заселяет только один аборигенный вид – островной песец, который представлен двумя эндемичными подвидами: беринговским и медновским. 4 вида грызунов (красная полевка, домовая мышь, черная и серая крысы) были завезены на острова случайно в конце XIX — начале XX веков. Акклиматизирован северный олень. Еще одним случайным вселенцем оказалась американская норка, сбежавшая со зверофермы.
Наиболее многочисленная группа – морские млекопитающие (калан, ластоногие и китообразные). В фауне островов представлены все 10 видов северотихоокеанских ластоногих. В течение последних 15 лет были отмечены два типичных представителя североамериканской фауны – северный морской слон и калифорнийский морской лев. На островах расположены крупные лежбища северных морских котиков численностью до 200 тысяч особей. Здесь размножаются сивучи – вид, стремительно сокративший свою численность в течение нескольких последних десятилетий.
Наиболее разнообразна фауна китообразных – 21 вид. Однако обычными и многочисленными в акватории являются лишь 7 видов (северный плавун, кашалот, косатка, белокрылая морская свинья, горбатый кит, финвал и малый полосатик). Здесь отмечены и такие редкие виды как командорский ремнезуб (только по находкам павших животных) и японский гладкий кит. В охраняемой акватории островов проходят пути сезонных миграций серых китов от мест размножения у американских берегов к летним местам нагула у берегов Камчатки и Сахалина.
До конца XVIII века в прилегающей к островам акватории обитала морская корова Стеллера.
Такого видового разнообразия морских млекопитающих, как в акватории Командорских островов, нет больше нигде в России.
15 видов млекопитающих заповедника «Командорский» включены в Красную книгу Российской Федерации (эти же виды включены в Красную книгу Камчатки).
Класс Млекопитающие MAMMALIA Linnaeus, 1758
Отряд Рукокрылые CHIROPTERA Blummenbach, 1779
Семейство Гладконосые (Кожановые) VESPERTILIONIDAE Gray, 1821
Л. Стейнегер в своей работе (1896) упоминал о регистрации в селе Никольском на острове Беринга в 90-х годах XIX века летучих мышей. Однако материал не был собран, и вид животных не был установлен. Уже в наше время А. П. Никаноров (2000) также упоминал о наблюдении летучей мыши в конце 1970 г. в селе Никольском, но материал тоже не был собран. Таким образом, несколько раз наблюдали представителей отряда на Командорских острова. Однако в связи с тем, что ни разу не удалось отловить животных, видовая принадлежность залетавших мышей так и не была установлена.