На птичьих островах заповедного архипелага ежегодно гнездятся до 1 000 000 птиц.

Птичьи базары – еще одна визитная карточка Командорских островов. Из-за массового скопления птиц заповедник иногда называют «раем для бердвотчеров».

Из четырех островов заповедного архипелага – два заселены одними птицами. Остров Топорков – является одной из древнейших и крупнейших колоний одноименной птицы, а на Арьем Камне гнездится крупная колония кайр или по-алеутски «ара». К типичным представителям местной орнитофауны также относят обыкновенные моевки, красноногие говорушки, кайры, конюги, белобрюшки, ипатки, бакланы.

Все острова заповедного архипелага внесены в список ключевых орнитологических территорий международного значения по версии всемирной организации по защите птиц и сохранению их среды обитания (Bird Life International).  Всего за историю наблюдений здесь зарегистрировано 234 вида птиц.