Современная флора Командор сформировалась преимущественно из субальпийских и альпийских видов, произраставших в середине плейстоцена в высокогорьях островов и общих с Камчаткой и северными Курилами, в то время как подавляющее большинство видов лесного пояса вымерли в течение верхнего плейстоцена (этим объясняется отсутствие древесной растительности на островах). В периоды похолоданий Командоры уже были отделены от азиатского материка глубоководными проливами, вследствие чего мигрировавшие по горам и побережьям Камчатки на юг субарктические и арктические виды не смогли сюда проникнуть. Этим в значительной мере и объясняется преимущественно бореальный характер современной флоры Командор при несколько «субарктическом» облике многих растительных сообществ.

К настоящему времени на Командорах отмечено 447 видов сосудистых растений, 158 видов морских макрофитов, около 100 видов лишайников и 312 видов мохообразных.